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La herramienta informática de los investigadores del Instituto Leloir y del CONICET es de libre acceso y permite obtener información sobre regiones de esas moléculas que cumplen un rol relevante en cáncer, infecciones virales y múltiples procesos biológicos.
 
 
Un nuevo software desarrollado por bioinformáticos de la Fundación Instituto Leloir (FIL), bautizado MISTIC2, permite generar información relevante sobre la estructura y la función de familias de proteínas asociadas con enfermedades y otros procesos biológicos.“Nuestra herramienta facilitará el estudio de proteínas, algunas de ellas asociadas a diferentes tipos de tumores, infecciones virales y otras patologías”, indicó a la Agencia CyTA-Leloir la líder del proyecto, la doctora Cristina Marino-Buslje, jefa del Laboratorio de Bioinformática Estructural de la FIL e investigadora del CONICET.MISTIC2 es una versión actualizada de MISTIC, una herramienta web también desarrollada por el equipo y que, desde 2013, ha procesado 18.000 trabajos de todo el mundo y ha sido citado en 68 trabajos científicos.

 

La actual versión (accesible en mistic2.leloir.org.ar) – cuyo desarrollo contó con el apoyo de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica que depende de la cartera de ciencia- incorpora nuevas tecnologías, es interactiva y mejora el rendimiento, la compatibilidad y la experiencia de los investigadores que decidan emplearla en su campo de estudio, puntualizó Marino-Buslje.

“Los científicos pueden cargar en nuestro software los datos que arrojan sus experimentos para poder acceder a diferentes cálculos y posibilidades. Por ejemplo, la visualización en 3D de las proteínas, su secuencia de aminoácidos, otras proteínas que podrían tener funciones similares, la importancia de ciertas regiones, y otros datos”, señaló Marino.

El flamante software, descrito en la revista “Nucleic Acids Research”, es simple y puede ser empleado por un amplio espectro de científicos que no son del campo de la bioinformática. “La herramienta es esencial para explorar la evolución de familias de proteínas y puede ser útil en la generación de hipótesis biológicas y guiar el diseño racional de experimentos para lograr resultados con menos costo y en menor tiempo.”, destacó Marino-Buslje, cuyo laboratorio participa de un consorcio internacional de científicos que recibió el subsidio más grande de la Unión Europea para investigaciones básicas.

Para crear MISTIC2, el equipo de trabajo integrado por el magister Eloy Colell y los doctores Javier Iserte y Franco Simonetti han tenido que desarrollar una serie de algoritmos.

“En nuestro laboratorio nos planteamos y apasionamos con preguntas biológicas e intentamos resolverlas con las técnicas y software que existen”, contó Marino-Busjle. Y agregó: “Si no están, las creamos”.

Fuente:

Agencia CyTA Instituto Leloir 
/ COFA
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Integran un consorcio con colegas europeos para estudiar un tipo de proteínas asociadas con el cáncer, enfermedades neurodegenerativas y virales.

 

Un consorcio de instituciones científicas de Argentina fue elegido por el programa de investigación básica más grande de la Unión Europea (UE) para estudiar, junto con colegas europeos y mediante métodos computacionales, cierto de tipo de proteínas que podrían estar involucradas en la génesis de numerosas enfermedades, incluyendo el cáncer, el Parkinson, el Alzheimer y las infecciones virales.

Grupos de bioinformáticos del Instituto Leloir, de la Universidad Nacional de Quilmes (UNQ) y de la Universidad Nacional de San Martín (UNSAM) recibirán casi un millón y medio de euros otorgados por la Comisión Europea a través del prestigioso Programa Marco de Innovación e Investigación Horizonte 2020 y la Acción Marie Sklodowska-Curie para la promoción de la ciencia. Ese monto se compartirá con colegas de la Universidad de Padua, en Italia; de la Universidad Eötvös Loránd, en Hungría; del University College de Dublin, en Irlanda; y del Laboratorio Europeo de Biología Molecular, conformado por centros de investigación de 18 países del continente.

Las proteínas que se van a investigar son las llamadas “intrínsecamente desordenadas” o IDP según sus siglas en inglés, “un tipo de moléculas que despierta interés dentro de la comunidad científica porque hay evidencia creciente de que, entre otras cosas, se asocian con numerosas enfermedades”, indica la doctora Cristina Marino-Buslje, jefa del Laboratorio de Bioinformática Estructural en el Instituto Leloir e investigadora del Conicet en el Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires (IIBBA, CONICET – Instituto Leloir).

Las proteínas, además de cumplir un rol estructural, aceleran reacciones químicas esenciales, regulan la expresión de la información genética, posibilitan la comunicación entre células y transportan nutrientes, entre otras funciones vitales para el organismo.

Dentro de esa categoría de moléculas, las IDP son un tipo particular que desafía el paradigma clásico establecido por el bioquímico estadounidense Christian Anfinsen, Nobel de Química 1972, una proteína posee una única estructura tridimensional que determina su función. En realidad, de acuerdo con estimaciones recientes, más del 30% de las proteínas son muy flexibles y tienen regiones plásticas que cambian constantemente de conformación y pueden interactuar de manera compleja y a veces “promiscua” con otras proteínas. Los mecanismos de esta versatilidad molecular son poco conocidos.

“Antes se pensaba que las proteínas eran objetos rígidos como pelotas de fútbol. Hoy sabemos que debemos imaginarlas como moléculas a veces muy flexibles, cuyos movimientos son fundamentales para su función”, señala la doctora Lucía Chemes, jefa del Laboratorio de Biofísica de Proteínas y Motivos Lineales del Instituto de Investigaciones Biotecnológicas (IIB), que depende de la UNSAM e investigadora del CONICET.

El consorcio va a enfocar sus esfuerzos en avanzar en metodologías para identificar estas proteínas desordenadas en los genomas de las células humanas y también las de patógenos microbianos y virales. “Estamos muy entusiasmados por esta posibilidad –dice Chemes–. La oportunidad que nos presenta el subsidio es única, ya que permite combinar y reunir las capacidades de múltiples expertos en disciplinas experimentales y bioinformáticas para avanzar en nuestra comprensión de la función de esta clase de proteínas. Y este conocimiento podría permitir en el futuro el desarrollo de terapias innovadoras contra muchas enfermedades”.

Asimismo Marino-Buslje afirmó que “investigar este tipo de proteínas implica conocer una nueva biología. Y también permitirá eventualmente desarrollar mejores herramientas computacionales para su estudio”.

Fuente: Agencia CyTA-Leloir

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