Hoy en Revista Dosis
La herramienta informática de los investigadores del Instituto Leloir y del CONICET es de libre acceso y permite obtener información sobre regiones de esas moléculas que cumplen un rol relevante en cáncer, infecciones virales y múltiples procesos biológicos.
 
 
Un nuevo software desarrollado por bioinformáticos de la Fundación Instituto Leloir (FIL), bautizado MISTIC2, permite generar información relevante sobre la estructura y la función de familias de proteínas asociadas con enfermedades y otros procesos biológicos.“Nuestra herramienta facilitará el estudio de proteínas, algunas de ellas asociadas a diferentes tipos de tumores, infecciones virales y otras patologías”, indicó a la Agencia CyTA-Leloir la líder del proyecto, la doctora Cristina Marino-Buslje, jefa del Laboratorio de Bioinformática Estructural de la FIL e investigadora del CONICET.MISTIC2 es una versión actualizada de MISTIC, una herramienta web también desarrollada por el equipo y que, desde 2013, ha procesado 18.000 trabajos de todo el mundo y ha sido citado en 68 trabajos científicos.

 

La actual versión (accesible en mistic2.leloir.org.ar) – cuyo desarrollo contó con el apoyo de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica que depende de la cartera de ciencia- incorpora nuevas tecnologías, es interactiva y mejora el rendimiento, la compatibilidad y la experiencia de los investigadores que decidan emplearla en su campo de estudio, puntualizó Marino-Buslje.

“Los científicos pueden cargar en nuestro software los datos que arrojan sus experimentos para poder acceder a diferentes cálculos y posibilidades. Por ejemplo, la visualización en 3D de las proteínas, su secuencia de aminoácidos, otras proteínas que podrían tener funciones similares, la importancia de ciertas regiones, y otros datos”, señaló Marino.

El flamante software, descrito en la revista “Nucleic Acids Research”, es simple y puede ser empleado por un amplio espectro de científicos que no son del campo de la bioinformática. “La herramienta es esencial para explorar la evolución de familias de proteínas y puede ser útil en la generación de hipótesis biológicas y guiar el diseño racional de experimentos para lograr resultados con menos costo y en menor tiempo.”, destacó Marino-Buslje, cuyo laboratorio participa de un consorcio internacional de científicos que recibió el subsidio más grande de la Unión Europea para investigaciones básicas.

Para crear MISTIC2, el equipo de trabajo integrado por el magister Eloy Colell y los doctores Javier Iserte y Franco Simonetti han tenido que desarrollar una serie de algoritmos.

“En nuestro laboratorio nos planteamos y apasionamos con preguntas biológicas e intentamos resolverlas con las técnicas y software que existen”, contó Marino-Busjle. Y agregó: “Si no están, las creamos”.

Fuente:

Agencia CyTA Instituto Leloir 
/ COFA
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Como resultado de un trabajo interdisciplinario, científicos del CONICET Mar del Plata y de la Universidad Nacional de Mar del Plata (UNMDP), en conjunto con investigadores del Instituto de Investigación de Recursos Cinegéticos de la Universidad de Castilla (IREC) de España, desarrollaron una primera versión de un software para medir la movilidad de los espermatozoides. Este trabajo fue publicado, recientemente, en la reconocida revista internacional “Reproduction”.

El equipo conformado por ingenieros, matemáticos, biólogos, biotecnólogos y veterinarios desarrolló el “Sperm Motility Tracker”, un software de código abierto que permite analizar la motilidad de los espermatozoides, a partir de videos adquiridos mediante un microscopio con contraste de fase.

Los espermatozoides de la mayoría de las especies son células que requieren de un movimiento para alcanzar al ovocito y fecundarlo, y así, dar lugar a la formación de un nuevo individuo. En la medicina reproductiva como en la agroindustria, el análisis de la movilidad de los espermatozoides es uno de los parámetros más importantes para medir la fertilidad masculina y la calidad seminal, así como también, para preservar animales de alto valor genético.

El “Sperm Motility Tracker”, es capaz de detectar numerosas células en movimiento de manera simultánea, siguiendo la trayectoria del movimiento individual de 120 células aun cuando se entrecrucen o solapen. Como resultado del proceso se obtiene un análisis completo de la movilidad espermática.

En la actualidad, este análisis se realiza a través de una evaluación subjetiva o mediante sistemas comerciales de análisis computarizado (Computer Assisted Semen Analysis – CASA). “Los sistemas CASA son costosos de adquirir en nuestro país y en la región, sumado a que requieren una actualización constante. Este nuevo software permitirá que muchos laboratorios e institutos puedan disponer de una herramienta con las mismas prestaciones, de libre distribución y sin costo”, indica Andreina Cesari, investigadora independiente del Instituto de Investigaciones Biológicas (IIB, CONICET – UNMDP).

Para el desarrollo del sistema, científicos del Laboratorio de Procesamiento de Imágenes del Instituto de Investigaciones Científicas y Tecnológicas en Electrónica (ICYTE, CONICET – UNMDP), han realizado un trabajo de oclusión que permite captar el movimiento de estas células móviles, como así también, la posibilidad de adaptarse a diferentes tipos de organismos como las bacterias. Por su parte, miembros del IIB fueron los responsables de validar, manualmente, la calidad de detección del movimiento para luego, contrastarlo con un sistema CASA Comercial en el IREC de España.

“Al tratarse de un software parametrizable, el sistema podrá adaptarse a situaciones particulares. Se podrá aplicar la herramienta al esperma humano, de ganado y a una amplia variedad de especies como peces de cultivos, zánganos, toros, caballos, entre otros”, explica Cesari y agrega “no sólo se podrá detectar su impacto en la reproducción sino como potencial biosensor de la toxicidad ambiental. El espermatozoide es un tipo celular susceptible a los cambios del ambiente”.

Los científicos que participaron en el desarrollo de este software son Andreina Cesari y Lucía Salazar, becaria posdoctoral del IIB, junto a Micaela Greco, becaria doctoral de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCYT), con lugar de trabajo en el Instituto. También, formaron parte Juan Pastore, investigador adjunto, y Francisco Buchelly Imbachi, becario doctoral, ambos pertenecientes al ICYTE, y Virginia Ballarin, directora del Laboratorio de Procesamiento de Imágenes. Por parte de la IREC, participaron María Iniesta Cuerda, Julián Garde y Josefa Soler.

Fuente: CONICET

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La herramienta, elaborada por científicos del CONICET y de la UBA, permite analizar el genoma completo de microorganismos e identificar posibles blancos terapéuticos.

 
Los antimicrobianos se han convertido en una especie de cenicienta de la industria farmacéutica mundial: a pesar de que crece el número de infecciones resistentes y muchos tratamientos tienen hasta medio siglo de antigüedad, el desarrollo y lanzamiento de nuevos agentes ha declinado de manera constante en las últimas tres décadas. El organismo regulador de Estados Unidos, la FDA, aprobó 16 antibióticos en el período 1980-1984 y sólo 2 entre 2010 y 2012.

 

Ahora, un software creado y puesto en marcha por investigadores argentinos ofrece un posible aliado para el diseño de fármacos innovadores contra enfermedades infecciosas. De acuerdo con uno de los desarrolladores, el doctor Adrián Turjanski, investigador del CONICET en el Departamento de Química Biológica y del Instituto de Química Biológica (IQUIBICEN) de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (FCEyN) de la UBA, la plataforma online y de acceso libre analiza el genoma completo de los microorganismos, permite testear hipótesis, identificar posibles blancos terapéuticos y finalmente contar con la información suficiente para iniciar la búsqueda de nuevas drogas.

“El webserver ya fue utilizado por varios investigadores y ha mostrado usabilidad y simpleza”, dijo Turjanski a la Agencia CyTA-Leloir.

La herramienta se llama Target-Pathogen y fue descrita en la revista “Nucleic Acids Research”. “Nuestro software usa algoritmos bioinformáticos para determinar la función de las proteínas de los patógenos, las redes metabólicas en las que participan, la estructura tridimensional que adquieren y los bolsillos de unión a drogas que tienen. Y la combina con información experimental para buscar [el posible blanco] de una manera amigable y sencilla”, señaló por su parte otro de los directores del proyecto, el doctor Darío Fernández Do Porto, del Instituto de Cálculo de FCEyN-UBA.

Hasta ahora, la herramienta fue testeada con éxito en el análisis de varias bacterias que preocupan a la salud pública, incluyendo a las que causan tuberculosis, disentería, lepra y complicaciones pulmonares resistentes a los antibióticos (Klebsiella pneumoniae). También se la probó con el parásito de la enfermedad de Chagas. Y continuamente se le van cargando nuevos patógenos.

Del avance también participan Ezequiel Sosa, Germán Burguener, Esteban Lanzarotti, Lucas Defelipe, Leandro Radusky y Marcelo Marti, del CONICET y la UBA, y Agustín Pardo, de la UBA.

Fuente:

Agencia CyTA Instituto Leloir 
 
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